La Contraloría General del Departamento del Guaviare, fue creada mediante la ordenanza No. 010 del 18 de noviembre de 1993, por la Asamblea Departamental del Guaviare que expide el Estatuto Básico y Estructura orgánica de la Contraloría General del Departamento del Guaviare. La Contraloría inició a desarrollar su actividad misional en enero de 1993, en cabeza del Doctor Libardo Hernández Herrera. También han sido Contralores:
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- Dra. Martha Lucia Londoño Quiza
- Dr. Jairo Remigio Narvaez Arciniegas
- Dr. Carlos Noé Carrillo Gutiérrez
- Dra. Yolanda Bustos Castro
- Dr. Carlos Noé Carrillo Gutiérrez
- Dr. Eulises Reyes Díaz
- Dr. Raúl Eduardo Hernández Camelo
- Dr. Víctor Manuel Soto Muñoz
- Dr. Fernely Bravo Prada
- Dr. Hernando Moreno Sanabria
- Dr. Jaime Londoño Flórez
- Dr. Edwin Yesid Borrero Braga
- Dr. Juan Pablo Ramírez Palacio
- Dr. Jaime Londoño Flórez
- Dra. Diana Marcela Vélez Montoya
Actualmente el Contralor General del Departamento del Guaviare es el Dr. Carlos Alejandro Montoya Sánchez para la vigencia 2022-2025.