La Contraloría General del Departamento del Guaviare, fue creada mediante la ordenanza No. 010 del 18 de noviembre de 1993, por la Asamblea Departamental del Guaviare que expide el Estatuto Básico y Estructura orgánica de la Contraloría General del Departamento del Guaviare. La Contraloría inició a desarrollar su actividad misional en enero de 1993, en cabeza del Doctor Libardo Hernández Herrera. También han sido Contralores:
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- Dra. Martha Lucia Londoño Quiza
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- Dr. Jairo Remigio Narvaez Arciniegas
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- Dr. Carlos Noé Carrillo Gutiérrez
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- Dra. Yolanda Bustos Castro
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- Dr. Carlos Noé Carrillo Gutiérrez
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- Dr. Eulises Reyes Díaz
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- Dr. Raúl Eduardo Hernández Camelo
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- Dr. Víctor Manuel Soto Muñoz
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- Dr. Fernely Bravo Prada
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- Dr. Hernando Moreno Sanabria
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- Dr. Jaime Londoño Flórez
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- Dr. Edwin Yesid Borrero Braga
- Dr. Juan Pablo Ramírez Palacio
- Dr. Jaime Londoño Flórez
- Dra. Diana Marcela Vélez Montoya
- Carlos Alejandro Montoya Sánchez
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Actualmente el Contralor General del Departamento del Guaviare es el Dr. Rodolfo Alejandro Murcia Niño para la vigencia 2022-2025.